反对立朱由崧。时任淮扬巡抚的路振飞，也致书史可法，认为：“议贤则乱，议亲则一，现在惟有福王”，提醒史可法“伦序当在福王，宜早定社稷主”。对官员中的分歧，以及立潞王与福王的后果，史可法掌握得最为全面，其实也最清楚。但在关键时刻，史可法则完全倒向了东林党一边。
史可法入仕较晚，东林色彩并不突出，也未深度介入天启与崇祯朝的“党争”，为什么会作出这种抉择？很重要的一条，是书生情怀，而不是政治谋略。
史可法出自东林党骨干左光斗门下，左光斗对其有着不同寻常的知遇之恩。左光斗视学京畿时，尚为一介书生的史可法苦读寺中，左光斗偶然发现后对其大为赞赏。左光斗主试时，当听到门史唱出史可法的名字时，“瞿然注视”，当即“面署第一”。在史可法拜见左夫人的时候，左光斗更是当着子女的面，对史可法赞不绝口：“吾诸儿碌碌，他日继吾志事，惟此生耳。”乡试后左光斗将史可法请到家中，与自己的子弟一起读书，以参加会试。在左府，有一天史可法将左光斗的官服穿在自己身上，恰被左光斗撞见，史可法满面通红，十分尴尬，左光斗笑着对史可法说：将来，你一定比我更有成就，我这官服其实是配不上你的！
左光斗对史可法的关怀无微不至，二人“不啻家人父子之欢”。
出于对东林党的特殊情感，史可法既明白路振飞所讲的道理，又担心东林党所预见的后果，最终情感战胜理性，他决定支持张慎言，并出面去做持不同意见的凤阳总督马士英的工作，理由就是东林党提出的“七不可”。
其实，史可法并不了解朱由崧其人。真实的朱由崧，形象被清朝严重污化。东林党所言的“七不可”，除了“不孝”是指朱由崧仓皇出逃中半道与母亲走失外，其余“六不可”很难找到事实的支撑。
在议立新君的紧要关头，史可法亲自写信给马士英，明言朱由崧“七不可”，要求马士英支持东林党与自己的主张。但是，马士英收到史可法的私笔信后，将其作为公函予以收文，并加盖督印予以存档。
史可法作为主持大局的兵部尚书，完全清楚南方官员在册立新君问题上的巨大分歧，也完全清楚这种分歧面临的后果，但竟然出于意气，给马士英写了一封信。送出给马士英的私信后，史可法立即又犹豫起来。真实的内心里，史可法认为按伦序迎立福王是对的。于是，史可法又试图说服东林党人，放弃迎立潞王：“以齐桓之伯也，听管仲则治，听易牙、开方则乱。今吾辈之所立者，岂其不惟是听，而又何患焉？”
史可法给东林官员讲历史故事，目的是想他们不固执己见，但明显又是两头不讨好——赞成潞王与反对潞王，赞成福王与反对福王，史可法都不是旗帜鲜明。不表态，让人琢磨，这也是史可法的工作方法与策略。但是，没有人出来帮史可法解套，他还得自己拿主张。犹疑纠结的史可法，接着想到了折中。他亲自前往浦口，与凤阳总督马士英密议。最后，二人达成共识：拥立远在广西的桂王。在谋立桂王时，史可法再一次表现出他的实诚——他详尽地论证了朱由崧德才不备，根本就不能立为新君。
这个决策有相当的科技含量，史可法对自己两全其美的智慧决策，感到十分满意——既避开了矛盾的焦点，又淡化了部分南京官绅的意见。而且，又借马士英在军队的实力，获取军队方面的支持。
谋划完了，史可法静静地等着好消息。
马士英虽说也是书生出身，却没有一丝书呆子气。当军方开始动作，出手谋划拥立福王时，马士英果断转舵，成为拥立福王的领军人物。他同时与南京其他官员取得一致，并让手下的将领发兵，护送福王到南京继位。至于史可法那边，他连个招呼都没打。
“定策”中的重大失误，是史可法最终在弘光朝退出核心层的根本原因。马士英与史可法在弘光朝的地位，其实在这个时候就已经分出高下了。